В полуавтоматических ротационных или санных микротомах автоматически настраиваются толщина среза, тримминга и ретракции, также осуществляется подвод образца путем ввода необходимых значений через панель управления. Однако сам процесс резки не автоматизирован и проходит с помощью лаборанта.