Механические или ручные микротомы как правило не имеют подключения к электрической сети, все процессы настройки параметров среза осуществляются вручную лаборантом при помощи различных механических систем регулировки, также и процесс резки полностью ручной. Бесспорным преимуществом таких приборов является простота конструкции, отсутствие электронных частей и низкая цена по сравнению с полуавтоматическими и автоматическими типами.