Процесс работы на автоматических микротомах вне зависимости от их типа полностью автоматизирован. Приборы такого типа позволяют не только регулировать в автоматическом режиме толщину среза, ретракции, тримминга, осуществлять подводку образца, но и выполнять срезы. Таким образом снижая трудозатраты лаборанта и максимально исключать вероятность человеческой ошибки.