Наиболее часто используемый тип микротомов - ротационный. Принципиальное отличие от санных микротомов заключается в том, что нож ротационного микротома неподвижен, а для резки осуществляется движение самого препарата в специальном держателе. Благодаря такой конструкции ротационные микротомы могут иметь более широкий диапазон толщин среза и обеспечивают более плавный и качественный срез материала. В свою очередь ротационные микротомы могут быть автоматическими, полуавтоматическими и механическими (ручными).