Компания Qiagen была основана в ноябре 1984 года группой учёных из университета Дюссельдорфа. Компания начала с разработки новых методов для очистки нуклеиновых кислот как носителей генетической информации. Скоро основная группа поняла, что эти методы можно применять практически во всех областях генетического анализа. Процедуры выделения и очистки биологических молекул, таких как ДНК, РНК и белки, от других компонент клетки, — жизненно важны для любых последующих операций с этими молекулами.
Выпуск первого же продукта Qiagen в 1986 году был равносилен революции в молекулярной биологии: время, затрачиваемое на выделение и очистку плазмид, сократилось с 2-3 дней до двух часов. Продукт распространялся как набор, содержавший все компоненты, необходимые для приготовления образца для последующего лабораторного анализа.