Система Fluidigm EP1 предназначена для проведения высокопроизводительного генотипирования, проведения цифровой ПЦР для определения копийности генов (CNV) и абсолютного количественного подсчета нуклеиновых кислот и других задач, решаемых с помощью методики ПЦР по конечной точке. В зависимости от задач система позволяет проводить от 144 до 37 тысяч уникальных ПЦР за запуск прибора. Система не привязана к конкретным производителям реагентов, а нанолитровые объемы реакций существенно снижают стоимость исследований.
Система комплектуется IFC контроллером для заполнения чипов реагентами (в зависимости от задач и процессируемых микрочипов могут использоваться разные IFC контроллеры), отдельно стоящим термоциклером, сканером для флуоресцентной детекции сигнала, набором программного обеспечения.